江苏水利工程专科学校的办学历史可追溯到1950年创建于南京的淮河水利专科学校。

1951年11月，淮河水利专科学校改由华东水利部领导，学校更名为华东水利专科学校。

1952年一部分改办中等专业学校，定名华东水利学校。1955年2月，改名为水利部南京水利学校。1958年9月，江苏省根据水利建设的需要，将学校升格为南京水利学院。

1960年1月，南京水利学院迁校扬州，改称江苏水利学院。