江苏水利工程专科学校的办学历史可追溯到1950年创建于南京的淮河水利专科学校。1950年5月，华东军政委员会水利部将苏北建设学校水利科与在南京的华东水利部水文技术人员训练科合并，成立淮河水利专科学校，隶淮河工程总局领导。

1951年治淮委员会成立，学校由治淮委员会领导。同年11月，淮河水利专科学校改由华东水利部领导，学校更名为华东水利专科学校。

1952年全国院系调整期间，经中央人民政府教育部批准，华东水利专科学校一部分与南京大学、浙江大学、上海交通大学、同济大学等院校的水利系（科）合并，在南京成立华东水利学院；一部分改办中等专业学校，定名华东水利学校。

1955年2月，华东水利学校由水利部直接领导，改名为水利部南京水利学校。

1958年7月，水利电力部将水利部南京水利学校管理权下放江苏省。9月，江苏省根据水利建设的需要，将学校升格为南京水利学院。

1959年2月，设在扬州的江苏省水利机械工业学校并入南京水利学院。

1959年12月12日，省水利厅党组和高教厅党组报请省委同意，南京水利学院迁校后校名改为江苏水利学院。

1960年1月，南京水利学院迁校扬州，改称江苏水利学院，隶属省水利厅，委托扬州地委代管。学院设有农水系、河川系和机电排灌系。校址设在原财政部扬州财政学校原址（今扬州大学江阳路南校区）。

1961年8月，省委决定将原扬州水利电力学校水利专业及镇江水利学校计105名学生并入江苏水利学院中专班，将盐城水利专科学校并入江苏水利学院大学部。江苏水利学院调整专业设置，确定以机电排灌专业和农田水利专业为主。

1962年6月，江苏水利学院大学部（机电排灌、农田水利和河川枢纽及发电站专业）并入苏北农学院。同年12月，江苏水利学院中专部由国家水利电力部收回，改名为水利电力部扬州水利学校。江苏水利学院停办。

1970年1月，水利电力部扬州水利学校再次划归江苏省管理，改称江苏省扬州水利学校。

1973年10月，江苏省扬州水利学校恢复招生，是年共招工农兵学员237名，学制三年。

1977年11月，全国高校恢复统一招生考试制度后，江苏省扬州水利学校招收学生136人，均为高中毕业，学制三年。

1984年4月16日，江苏省人民政府苏政复［1984］61号文批复，建立江苏水利工程专科学校、江苏省扬州水利学校继续保留。

1992年5月，与扬州师范学院、江苏农学院、扬州工学院、扬州医学院、江苏商业专业学校，联合组建扬州大学。