1995年3月30日，李岚清副总理在时任江苏省省长郑斯林等省市领导陪同下来扬州大学视察。

当日，李岚清副总理为学校题词：“发挥联合优势，坚持教育改革，提高教学质量，齐心协力办好扬州大学。

1997年9月5日，江苏省教育委员会与扬州市人民政府共建扬州大学签字仪式在扬州举行。

1998年1月17日至19日，全国高等教育管理体制改革经验交流会议在扬州召开。时任中共中央政治局常委、国务院副总理李岚清到会，并作重要讲话。

同日，李岚清冒雪视察扬州大学，对扬州大学几年来合并办学和体制改革取得的成绩给予了充分肯定，希望学校集中力量求发展，争取办成一所高水平的综合性大学。以这次会议为标志，扬州大学进入深化内部管理体制改革，构建综合性大学框架，推进学校内涵建设的新阶段。

2002年5月19日，扬州大学隆重举行建校100周年、在扬办学50周年、合并办学10周年庆祝大会

2004年5月1日，胡锦涛同志在视察扬州期间亲切接见刘秀梵院士。

进入新世纪，学校以接受本科教学评估、实施“质量工程”和新一轮“本科教学工程”为契机，加强教学基本建设，深化教育教学改革，健全监督控制体系，提升人才培养质量。2004年11月，教育部评估专家组对扬州大学本科教学工作水平进行考察评估。

2005年4月，教育部公布2004年54所高等学校本科教学工作的评估结果，扬州大学获得教育部本科教学工作评估优秀成绩。

2005年5月28日至29日，中国共产党扬州大学第一次代表大会隆重召开。

 大会选举产生了第一届党委员会和纪律检查委员会。大会号召全体共产党员弘扬改革精神，坚持科学发展，构建和谐学校，实现新的跨越，为把扬州大学早日建成国内有地位、国际有影响的高水平教学研究型地方综合性大学而努力奋斗。

2009年4月13日，江泽民同志在扬州烈士陵园与我校学生亲切交流。

2009年4月23日，习近平同志在江苏南京召开调部分省市深入学习实践科学发展观调研座谈会。在听取我校关于开展科学发展观学习实践活动的情况汇报后，习近平同志对学校工作提出殷切期望，要求做好“优化组合，转型化合”这篇“大文章”。

2012年10月12日，中国共产党扬州大学第二次代表大会隆重召开。大会明确了全面实现“十二五”规划确立的“国内有地位、国际有影响、特色鲜明的高水平地方综合性大学” 的奋斗目标，制定了“七项”战略举措。

——强力推进人才队伍建设。

——全力提高人才培养质量。

——大力加强高水平学科建设。

——着力增强科研创新能力。

——鼎力服务经济社会发展。

——合力推进国际化办学进程。

——努力提高管理与服务水平。

从2012年到2017年的5年间，学校党政紧密团结带领全体师生员工，聚精会神抓改革，戮力同心谋发展...

2015年9月21日，江苏省人民政府、教育部决定共建扬州大学

2017年以来，我校以第一完成单位先后获得国家自然科学奖二等奖1项、国家技术发明奖二等奖1项、国家科学技术进步奖二等奖3项，以第二完成单位获得国家科学技术进步奖二等奖1项，获奖类别实现了国家科学技术奖三大奖的全覆盖。

2017年9月28日，中国共产党扬州大学第三次代表大会隆重召开。大会明确，“建成国内一流、国际知名、特色鲜明的高水平研究型大学”是今后一段时期学校发展的总体目标。

2020年，在江苏省委、省政府召开的全省2019年度高质量发展总结表彰大会。我校荣获高水平大学建设重点（培育）支持高校第一等次，其中党的建设成效得分、高质量发展成效得分、办学治校满意度调查得分、综合考核总得分等均处于同类高校前列。

根据江苏省考核工作委员会通报，我校在2020年度地方普通高校领导班子考核中荣获优秀等次。

2020年，学校领导班子坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面落实党委领导下的校长负责制，积极履行管党治党、办学治校主体责任，突出把方向、定政策，管大局、抓大事，作决策、保落实，带队伍、强担当，扎实推进思想再解放、改革再深入、目标再攀升。