进入新世纪，学校以接受本科教学评估、实施“质量工程”和新一轮“本科教学工程”为契机，加强教学基本建设，深化教育教学改革，健全监督控制体系，提升人才培养质量。

2004年11月，教育部评估专家组对扬州大学本科教学工作水平进行考察评估。

2005年4月，教育部公布2004年54所高等学校本科教学工作的评估结果，扬州大学获得教育部本科教学工作评估优秀成绩。