扬州医学院起源于1950年6月苏北行政公署在高邮创办的“苏北卫生行政干部学校”（简称“苏北卫生学校”）。苏北行政公署主任惠浴宇兼任校长。

1951年2月，“苏北卫生学校”从高邮迁至扬州。1952年8月，苏北卫生局报请华东军政委员会卫生部和上海市卫生局同意，上海私立惠生高级助产职业学校迁并来扬州，随校迁来工作人员有程学铭等9人，学生58名。校址在北河下（今扬州市妇幼保健医院附近），校名为苏北扬州助产学校。程学铭任副校长、妇幼保健院副院长。

1953年5月“苏北助产学校”更名为“江苏省扬州助产学校”，隶属于江苏省卫生厅。7月下旬，更名为“江苏省扬州医士学校”，并决定招收医士专业学生100名。

1954年7月，南通医士护士学校的医士专业迁来扬州医士学校，同时将扬州医士学校护士专业迁并南通，并校后校部设在北河下（现东区扬州市第一人民医院院址），分部设在淮海路6号。

1955年7月30日，苏北医学院（南通）的100余名师生和部分教学设备由南通迁到扬州，并入扬州医士学校。

1956年6月，扬州医士学校更名为江苏省扬州医士助产士学校。9月22日，扬州医士助产士学校淮海路校址内2060平方米的教学大楼完工。1958年1月，学校增设了护士专业，学校改名为“江苏省扬州卫生学校”。

1958年6月7日，扬州卫生学校升格为扬州医学专科学校。同时附设扬州卫校。7月，扬州中医专科学校成立，与扬州医学专科学校一套班子，两块牌子，校址在汶河路5号。

1960年，根据扬州专区指示，扬州医学专科学校创办函授大学，学制四年。后因故而中途停办。

1961年11月，经江苏省卫生厅推荐、卫生部核准，扬州医学专科学校和全国其它3所医学专科学校为国家卫生部重点联系学校。

1962年6月17日，根据中华人民共和国教育部（62）教专李字92号文规定，扬州医学专科学校停办。学校恢复为中专“扬州卫生学校”。

1976年12月，经省革命委员会批准，扬州卫生学校扩建为江苏省新医学院扬州分院。

1979年1月，经国务院批准，恢复扬州医学专科学校，原“江苏新医学院扬州分院”正式改名为扬州医学专科学校。原苏北人民医院划归为扬州医学专科学校的附属医院。

1982年9月，省人民政府决定，扬州医专自1982年起招收五年制医学、中医专业本科生。

1984年7月16日，教育部批准扬州医学专科学校升格为医学院，并定名为“扬州医学院”。升格后仍归江苏省人民政府领导，由省高教局具体管理。学院设置医学、中医两专业，学制五年，同时试办三年制妇产专业（专科）。

1992年5月，与扬州师范学院、江苏农学院、扬州工学院、扬州水利工程专科学校、江苏商业专业学校，联合组建扬州大学。